Misterul Armatei celor 12 maimuțe se află între trecut și viitor, între luciditate și nebunie, între vis și realitate. Acțiunea filmului are loc în anul 2035 când omenirea subzistă într-o dezolantă lume a morții, urmare a distrugerii în proporție de 99% a populației Pământului. Cole (Bruce Willis), un voluntar încăpățânat sprijinit de Kathryn Railly (Madeleine Stowe) au numai două indicii pentru a descifra enigma Armatei celor 12 maimuțe, care amenință să șteargă omenirea de pe fața pământului.