Aceasta nu e doar o altă misiune. Organizația IMF e închisă fiindcă a fost făcută publică implicarea ei într-un complot global de atacuri teroriste cu bombe. E inițiat protocolul fantomă (Ghost Protocol), iar Ethan Hunt și noua sa echipă de agenți trebuie să se infiltreze și să acționeze sub acoperire pentru a reabilita numele organizației din care fac parte. Din clipa în care intră sub acoperire, ei nu mai primesc niciun ajutor, nu mai au legătură cu organizația, sunt în afara "hărților" cunoscute.