Gabriel Bryne interpreteaza rolul parintelui Kiernan, un tanar preot iezuit a carui diploma in chimie ii acorda rolul unui preot-detectiv, care se ocupa cu investigarea fenomenelor inexplicabile aparute in bisericile din intreaga lume. Cand Vaticanul afla de ciudata poveste a unei femei, Frankie, (Patricia Arquette) pe trupul careia apar din senin semne asemanatoare crucificarii, parintele Kiernan este delegat sa cerceteze cazul. Insa aceasta situatie, cunoscuta in lumea ecleziastica sub numele de stigmata, este mult complicata de faptul ca Frankie este atee, iar de obicei insemnele rastignirii apar pe trupurile persoanelor credincioase. Prima persoana din istorie afectata de stigmata este Francisc de Assisi, de care insa Frankie nici macar nu a auzit.